办理埃及商业发票使馆认证，需要准备以下资料并遵循详细流程：

所需资料：

1. 商业发票原件及复印件。

2. 公司营业执照、税务登记证等相关资质证明文件。

3. 申请人的有效身份证明文件，如身份证或护照。

4. 如是代理申请，需提供代理授权书及代理资质证明。

详细流程：

1. 准备资料：按照上述要求准备好所有所需资料。

2. 在当地公证处进行公证：将商业发票及相关资质证明文件提交至当地公证处进行公证。公证是对文件真实性、合法性的证明。

3. 提交至中国外交部领事司或其授权机构进行认证：将公证后的文件提交至中国外交部领事司或其授权的机构进行认证。这一步是对文件加盖印章，表示中国政府对文件的认可。

4. 送至埃及使馆进行二次认证：将经过中国外交部领事司或其授权机构认证的文件送至埃及使馆进行二次认证。埃及使馆会对文件进行审核并加盖印章，表示埃及政府对文件的认可。

5. 等待审核结果：使馆审核完成后，申请人需等待审核结果。如需补充资料或有其他问题，使馆会及时联系申请人。

6. 领取认证文件：审核通过后，申请人可前往使馆领取认证文件或选择邮寄方式。

请注意，整个流程可能会因地区和具体要求而有所不同，建议在办理前咨询当地相关部门或专业机构以获取更详细的信息和指导。