在日本，如果需要为日本公司主体资格进行外务省认证并附加证明书Apostille，通常需要经过一系列的程序。这个过程可能包括公司文件的公证、认证和翻译等步骤。以下是代办这一过程的一般步骤和注意事项：

1. 寻找专业服务机构：寻找一家有经验、信誉良好的代办机构或律师楼，他们可以提供从文件准备到外务省认证和Apostille代办等一站式服务。

2. 准备文件：根据外务省的要求，准备好需要认证的公司文件，如公司注册证书、营业执照等。同时，还需要准备相关的翻译件。

3. 提交文件至外务省：将准备好的文件和翻译件提交至日本外务省进行认证。这一步通常需要一定的时间和费用。

4. 获得外务省认证：在完成外务省的认证后，会得到一份认证文件。这份文件是公司主体资格的官方证明。

5. 附加证明书Apostille：如果需要，可以向相关机构申请附加证明书Apostille。这通常需要在已经获得外务省认证的基础上进行。

6. 办理流程和时间：整个代办过程可能需要一定的时间，具体时间取决于各个机构的处理速度和流程。建议提前了解清楚流程和时间安排，以免影响业务进度。

7. 注意事项：在代办过程中，需要注意保护公司文件的机密性和安全性，确保文件不被泄露或丢失。同时，还需要了解相关的法律法规和规定，以确保代办过程的合法性和有效性。

请注意，以上步骤和注意事项仅供参考，具体流程可能因地区和机构而异。建议咨询专业服务机构或律师以获取更详细和准确的信息。