香港公司商业发票的商会认证办理流程如下：

1. 准备相关文件：首先需要准备好需要认证的商业发票、公司注册证书、商业登记证以及公司章程等文件。

2. 联系商会或相关机构：可以联系香港的商会或相关机构，如香港总商会等，以了解具体的认证要求和流程。

3. 提交申请：根据商会的指引，提交相关的文件和申请表格。有些商会可能还需要申请者提供其他辅助材料。

4. 审核和评估：商会将对提交的文件进行审核和评估，以确保其真实性和合法性。

5. 认证：如果文件审核通过，商会将会对商业发票进行认证，并在文件上加盖公章或签名。

6. 领取认证文件：完成认证后，可以前往商会领取认证文件或选择邮寄方式。

在办理过程中，还需注意以下事项：

1. 确保提交的文件是真实有效的，并且符合香港相关法律法规的要求。

2. 在与商会沟通时，要明确了解其要求和流程，以避免不必要的麻烦。

3. 如果需要加急办理或需要其他特殊服务，可以向商会咨询并支付相应的费用。

以上信息仅供参考，如有疑问请咨询当地相关部门或专业机构，以获取准确和全面的信息。